Si racconta che uno dei capi Goti, caduto da cavallo, esperimentò la potenza taumaturgica di San Fortunato. Fu guarito da una frattura al femore, ma a condizione di lasciare liberi due ostaggi, che recava con sé, e di abbandonare l’assedio alla città. Con il suo intervento liberò Todi dall’assedio di Totila e fu proclamato Patrono della città.
In un passo dei “Dialoghi”, San Gregorio scrive che San Fortunato continua a operare anche da morto: “..Il quale com’era solito fare da vivo, così continua dal suo sepolcro a liberare gli indemoniati, a guarire gli infermi, a favore di tutti quanti lo invocano con fede.”
Durante il suo episcopato fece erigere la chiesa di San Pietro Apostolo e convertì al cattolicesimo gli abitanti del castello di Pantalla, fondato nel periodo augusteo, facendo demolire il tempio di Pan e tagliare il bosco a lui consacrato.
A lui è dedicata la chiesa di San Fortunato a Todi costruita nel XII secolo e la pieve di Murlo, borgo presso Siena, un tempo sede dell’omonimo Feudo vescovile. È anche patrono di San Fortunato della Collina (una frazione del comune di Perugia) ed a lui è intitolato una delle chiese più antiche di Perugia situata al lato dell’Arco Etrusco. La Chiesa cattolica lo ricorda il 14 ottobre.